A la différence d'IPv4, l'encryptage et l'authentification sont des fonctionnalités que ne fournit pas IPv6 lui-même. Elles sont normalement implémentées par l'utilisation d'IPsec (qui peut également être employé par IPv4).

Cependant, à cause de l'indépendance de l'encryptage et de l'authentification à l'égard du protocole d'échange de clés, il existe actuellement des problèmes d'inter-opérativité.